Es posible que, al haber sido una fundación condal, en algún momento hubiese pasado a la corona.Los monjes cobraban las rentas de esta iglesia y poseían abundantes propiedades en el pueblo.En el siglo XVI (al menos desde 1510) comienzan a surgir pleitos porque los vecinos de Lebeña no reconocían el señorío del prior y se negaban a pagar los diezmos al monasterio.Con el tiempo, acaban desligándose de éste y crean su propia parroquia que ha perdurado hasta nuestros días.Esta es la primera iglesia de España en la que aparece el pilar compuesto cruciforme.Estas cubiertas forman aleros muy pronunciados que apoyan en modillones de lóbulos decorados con esvásticas y rosetas inscritas en círculos.Por debajo corre una cenefa decorativa a base de tallos, zarcillos y otras figuras vegetales.Todos estos motivos ornamentales ya se han visto en el arte visigodo.En 1971, se efectuaron las últimas obras de remodelación en el pórtico y altar mayor.[cita requerida] En la actualidad se encuentra adosado al basamento de piedra del retablo mayor.Los triángulos o montañas (líneas quebradas inferiores) y la línea del cielo, que enlazan ambos círculos, subrayarían este concepto.El retablo mayor, en madera policromada y dorada, es una obra del barroco decorativo, fechada en 1745.En las capillas posteriores se conservan dos pequeños retablos de estilo renacentista, fechados en 1584.
