[cita requerida] Su historia es agitada, al haber sido afectada por diversos terremotos y ataques de corsarios.
Cuenta la leyenda, que la carreta que debía transportar la imagen hasta Santiago, quedó enterrada en el barro y no hubo forma de sacarla; entonces la cabeza del Cristo se inclina cada día más debido a los pecados del mundo.
El tercer edificio se mantiene en pie, aproximadamente, un siglo, aunque con el paso del tiempo va perdiendo algunos de sus atributos arquitectónicos.
Tras mucho deambular, su cuerpo finalmente acabaría en Santiago, y su corazón en la actual Catedral de Valparaíso.
[cita requerida] Para inicios del siglo XXI, tanto la iglesia como sus alrededores se encontraban notablemente deteriorados.
El muro frontal se separó del resto de la edificación, y la torre quedó agrietada.
[12] Durante toda la segunda mitad del siglo XIX, el sector fue protagonista del auge económico, urbanístico y cosmopolita que experimentó la ciudad durante esa época,[13] lo que ha quedado de manifiesto en algunos nombres de sus calles que se conservan hasta hoy—como la calle Clave, llamada así por un vecino del siglo XIX que tenía un instrumento de teclas—[14] así como por las viviendas de los alrededores, donde residieron familias pudientes hasta inicios del siglo XX.
[17] El diseño de esta iglesia combina el estilo neoclásico con la arquitectura criolla del siglo XVII.
[3] La iglesia es antecedida por la Plaza La Matriz, un amplio espacio rectangular levemente irregular y de pendiente suave, embaldosado con piedra pizarra,[17] al que se accede desde la calle Almirante Riveros a través de unas escaleras.
[3] Al menos hasta los años 1960, en su óculo central había una estatua de Cristo con los brazos alzados, y en medio del frontón figuraba su monograma «JHS», con la cruz cristiana sobre la letra «H».
[cita requerida] De esta iglesia se conservan también archivos parroquiales que datan del siglo XVII.