En este hospital, al igual que en todos los hospitales rudimentarios creados en esta época, se practicó una medicina laica, dentro de la cual destacó el cirujano Juan Guerra Salazar, quién fue el primer chileno titulado como médico ante el Tribunal del Protomedicato en Lima.
El edificio mismo del hospital se ubicaba entre las actuales calles Carmen y San Isidro.
Los primeros diez años de administración bajo el Fray Gabriel de Molina se caracterizaron por un gran desarrollo, se construyó nueva infraestructura y se adquirieron diversos equipamientos, lo que permitió una gran mejoría en la atención de los enfermos.
Solo unos años después, en 1678, el prior y mayordomo Fray Pedro Homepezoa una de las más grandes figuras de la orden durante este siglo inició su administración.
Finalmente y luego de muchas acusaciones en contra del prior Homepezoa por mala administración y abuso de su posición, fue acusado ante sus superiores en Lima y amenazado con la excomunión, situación que nunca llegó a término debido a la intervención de la Real Audiencia de Santiago, esto debido en parte a su excelente desempeño como médico práctico y también debido a la gran falta de médicos en Santiago en esa época.
En 1714 el gobernador Juan Andrés de Ustariz, ordenó la edificación de un crucero con tres salas para el hospital, que fue trasladado cien metros en dirección oeste hasta la calle San Francisco, en donde se mantuvo hasta su demolición en 1944.
Más tarde y debido al afán del gobernador de mantener en Chile a estos médicos, algunos se nacionalizaron y otros se incorporaron al ejército como médicos militares.
Luego más avanzado en el siglo XVIII, la época colonial alcanzó su apogeo de prosperidad tanto en los campos económico, social, político, y cultural bajo el gobierno de grandes gobernadores.
Se crea el Protomedicato Chileno y comienza la enseñanza de la medicina en la Universidad Real, que fue fundada por Felipe V.
Este aumento en el número y en la calidad de los médicos presentes en Chile se generó en un periodo en el cual había un marcado progreso en los bienes hospitalarios, por ejemplo en 1738 y bajo la administración del prior Fray Eustaquio Meléndez se inauguró una nueva sala para convalecientes, aumentando el número de camas disponibles en el complejo a 63, además de reedificar la botica.
Más tarde Velasco sería nombrado virrey del Perú, posición desde donde seguiría aportando al progreso de Chile.
Gracias su cargo de profesor en Prima Medicina formó una serie de discípulos, entre los que destacan, Fray Pedro Manuel Chaparro, Fray Matías Verdugo y José Antonio Ríos.