Los protomédicos eran elegidos mediante un examen de suficiencia que les practicaban los mismos Archiatros o protomédicos, este examen era un requisito indispensable sin el cual el aspirante no era habilitado para el ejercicio médico, y en esto no podía intervenir ni el Senado ni el Pretor.
Esta jurisdicción es tanto civil como criminal, siendo el Tribunal de primera y única instancia.
Ante una sentencia no cabe apelación, tan solo el recurso de alzada ante el mismo Alcalde y Examinador Mayor.
Solo según se avanza en el ordenamiento jurídico del Protomedicato, los asuntos relativos a los judeoconversos y “limpieza de sangre” podrán ser recurridos, en amparo, al Consejo de Castilla.
En estos casos, en los que la autenticidad religiosa del examinado quedaba en entredicho, el Tribunal era a menudo receloso en conceder la licencia.
Esta querella ante el Tribunal del Protomedicato se basaba en que el maestro Pedro no tenía licencia de los Alcaldes Examinadores y, por tanto sus actividades eran ilegales.
En las principales naciones de Europa se establecieron Protomedicatos desde muy antiguo, con parecida estructura y otra denominación.