Hacia 1683 la estructura del edificio que lo albergaba se encontraba deteriorada, por lo que se decidió reedificar el hospital.
Sin embargo, las obras fueron paralizadas ese mismo año y recién una década después se retomaron los trabajos.
[1] Este se levantó en el sitio que ocupa hasta la actualidad, en la cuadra comprendida por las calles Balmaceda, Juan de Dios Pení, Larraín Alcalde y Anfión Muñoz.
[2] En 1948 durante el Plan Serena se inició la construcción del actual edificio que alberga al Hospital San Juan de Dios.
El terremoto de Coquimbo de 1975 dañó seriamente los sectores más antiguos del hospital, especialmente el ala sur.