Gobierno político y militar de Moxos

[4]​[5]​ En dicha región ambos expedicionarios coincidirían en una de las dos villas, surgiendo así problemas jurisdiccionales entre Manso y Chaves, por lo cual retrasaría la labor de conquista.Luego de dicha confrontación ambos marcharon hacia Lima a finales del mismo año, para reclamar sus derechos respectivos ante el virrey marqués de Cañete Andrés Hurtado de Mendoza.Manso quedó gobernando la provincia de Chiriguanáes en donde había fundado su villa.[7]​ En 1675 los sacerdotes jesuitas Pedro Marbán y Cipriano Barace comenzaron a evangelizar a los pueblos indígenas que se encontraban en las llanuras entre los ríos Mamoré y Guapay, partiendo desde Santa Cruz de la Sierra.El tratado de San Ildefonso entre España y Portugal en 1777, fijó en sus artículos X y XI los límites en la zona de Moxos:Ignacio Flores fue nombrado gobernador de Mojos.En 1784 fue nombrado Lázaro de Ribera como primer gobernador político militar y en 1792 lo reemplazó Miguel Zamora.Posteriormente la audiencia de Charcas ratificó la destitución de Zamora y nombró interinamente a Rafael Antonio Álvarez Sotomayor como gobernador, quien gobernó pocos meses y fue reemplazado en 1805 por Pedro Pablo de Urquijo.El alzamiento que proclamó un gobierno autóctono fue encabezado por Pedro Ignacio Muiba, secundado por el cacique José Bopi de Loreto y duró 66 días hasta que Urquijo con aliados canichanas del cacique Juan Maraza de San Pedro, javieranos del cacique de San Javier Tomás Noe, movimas y baures recuperó el gobierno.El gobernador realista de Santa Cruz Francisco Javier Aguilera, logró sofocar la insurrección y trasladó la capital de Moxos a Trinidad.Mojos desde 1822 dejó de tener un gobernador y fue agregado a Santa Cruz.