Sin embargo, tiene un álbum como solista, My Favorite Headache, lanzado en el año 2000, mientras Rush se encontraba en una pausa artística.
En ese álbum, Lee cuenta con la colaboración del Violinista canadiense Ben Mink (quien ya había colaborado con Rush en el álbum "Signals") y con la del baterista estadounidense Matt Cameron (de Soundgarden y Pearl Jam).
Volvió nuevamente al Fender Jazz Bass para la grabación de "Counterparts" en 1993 y desde entonces lo utiliza casi exclusivamente.
A finales de los años 70, comenzó a utilizar una configuración única, consistente en preamplificadores Ashly y amplificadores BGW, que eran conectados en estéreo con el Rickenbacker 4001: el micrófono del mástil se enviaba a un amplificador con sonido limpio y pesadamente grave, mientras que el micrófono del puente estaba conectado al otro amplificador con una ecualización exageradamente hacia los agudos y con una ganancia extra en la preamplificación.
Combinados, estos dispositivos electrónicos nos han brindado sonidos únicos, como el rugido que se escucha en Tom Sawyer o la melodía sincopada en el coro de The Spirit of Radio.
Como ya es costumbre, al tocar en concierto, Lee y sus compañeros tratan de recrear sus canciones lo más fielmente posible a la versión original y los samplers digitales les permiten recrear en tiempo real los sonidos de instrumentos extraños, acompañamientos, armonías vocales y en general, todos los sonidos que son familiares para las personas que hayan escuchado algún álbum de Rush.
Para activar estos sonidos en tiempo real, Lee emplea controladores MIDI colocados en los sitios de la tarima donde están ubicados los micrófonos que utiliza para cantar.
Combinados, ambos permiten a Lee utilizar sus manos (siempre que las tenga libres) y sus pies para activar los sonidos en un equipo especial colocado fuera del escenario.