El baterista en la formación actual es Matt Cameron, miembro a su vez de Soundgarden, que pertenece al grupo desde 1998.

Una de esas canciones es "Times of Trouble", que con algunas variaciones en la letra y la música, sería lanzada como una cara B del futuro grupo, llamada "Footsteps".

[12]​ Sin contar aún con batería ni cantante, el trío Ament/Gossard/McCready comienza la búsqueda de los nuevos miembros del grupo.

Para acelerar la búsqueda, graban una maqueta de sus composiciones más recientes ayudados por Matt Cameron en la batería y que titularon The Gossman Project.

Dicha grabación contiene las canciones conocidas actualmente como Once, Footsteps, Alive, Black y Alone, todas ellas en versión instrumental.

[17]​ Los meses siguientes avanzan rápido para la naciente banda: en noviembre inician la grabación de su primera demo profesional.

Singles representó una excelente forma de dar a conocer al mundo lo que en ese entonces pasaba en Seattle.

Eddie Vedder, Stone Gossard y Jeff Ament actúan en la película como miembros de la banda ficticia Citizen Dick, liderada por el protagonista Matt Dillon.

[18]​ Después de firmar con Epic Records, el grupo se ve obligado a cambiar su nombre por problemas comerciales.

Jeff Ament resume la actitud del grupo al comentar en una entrevista: "No queremos que la gente recuerde nuestras canciones como vídeos".

[25]​ A pesar de ser un disco difícil y duro, expresa muy bien el momento generacional que se estaba viviendo.

Durante estas retransmisiones, Eddie Vedder anuncia que Jack Irons oficialmente se convierte en su nuevo baterista.

Sin las presiones de ser ellos los estelares, el grupo logra una cohesión enorme durante las sesiones, consiguiendo un gran trabajo.

En este álbum se recogen todas las enseñanzas logradas en su predecesor No Code, combinándolas con el rock duro y directo que siempre los caracterizó.

[34]​ Además, para apoyar el lanzamiento del álbum, Pearl Jam anuncia una nueva gira a través de todos los Estados Unidos y parte de Oceanía y Hawái, misma que está planeada para durar todo el año completo.

Este fue un golpe importante para el grupo, ya que Irons tenía lazos de amistad muy fuertes principalmente con Eddie Vedder.

Riot Act se caracteriza por un sonido más basado en el folk y la música experimental, apoyados por un órgano B3, ejecutado por un miembro no oficial del grupo, Kenneth Boom Gaspar, y que le da al álbum un sello inusual en el grupo en canciones como "Love Boat Captain" por ejemplo.

[40]​ El 2003 inicia con la nueva gira mundial de la banda, la cual cubre originalmente Japón, Australia y los Estados Unidos.

Esta gira pronto se vuelve controversial, ya que Vedder comienza a incluir un show anti-Bush cuando la banda interpreta la canción "Bu$hleaguer", el cual no siempre es bien recibido por los espectadores.

[41]​ En este concierto, el público queda atónito al ver como Eddie Vedder comienza a golpear una máscara del presidente George W. Bush.

Hacia mayo, el grupo anuncia una extensión de su gira norteamericana, en la cual se incluye por vez primera a México.

Además, el tercer concierto del grupo en la Ciudad de México es transmitido en vivo por radio y televisión a toda América Latina.

El año 2004 transcurre con muy poca actividad del grupo, ya que cada uno de los miembros se dedica a proyectos personales.

Para reafirmar la postura anti-Bush que han asumido, Pearl Jam toca la canción "Masters of War", original de Bob Dylan en el programa Late Show with David Letterman del 30 de septiembre, como preámbulo a su participación en la gira Vote For Change (Voto por el cambio).

Ya hacia final del año lanzan su primer disco de Grandes éxitos titulado Rearviewmirror: Greatest Hits 1991-2003.

Para todos estos conciertos, el grupo anuncia que su nueva serie de Bootlegs serán solo lanzados en formato MP3 y distribuidos en su página web oficial.

Para soportar su álbum homónimo, el grupo inició su gira mundial de 2006 la cual recorre Estados Unidos, Australia y, principalmente Europa, donde no habían tocado en 6 años.

En 2016 la banda celebra sus 25 años realizando una gira por Estados Unidos, llegando a interpretar canciones como Society (cover solista de Vedder para la película Into the Wild) y Angel (que no tocaban desde 1994).

El álbum del grupo Pearl Jam, es citado como un regreso al sonido primitivo de la banda.

La dinámica del grupo cambió cuando Vedder comenzó a tocar más la guitarra hacia el período de Vitalogy.