Los años 1955 y 1956 sirvieron para consolidar el mando de Nasser, cuyo prestigio se extendió a la política internacional.

Con fundamentos panarabistas, Nasser intentó sin éxito ganarse un lugar en el comercio de petróleo con las grandes potencias, del que Egipto no participaba.

Le sucedió Anwar Sadat, quien emprendió un cambio de rumbo abrupto en la política exterior del país rompiendo la alianza con la URSS y buscando nexos con los EE. UU.

[48]​ La organización contaba entonces aproximadamente con noventa miembros; según uno de ellos, Jaled Mohieddin, «nadie que no fuese Nasser conocía su identidad o su lugar en la jerarquía».

Poco después, Nasser presentó un programa de seis puntos que pretendía desmantelar el feudalismo y acabar con la influencia británica.

Nasser, vestido de civil para evitar que lo identificasen las fuerzas monárquicas, pasó por los diferentes puntos controlados por los rebeldes para evaluar la situación.

[57]​ Pidieron al antiguo primer ministro Ali Mahir Bajá que volviese a este cargo y formase un Gobierno civil.

[59]​ Por ello Mahir dimitió el 7 de septiembre y su puesto lo ocupó Naguib, mientras que Nasser devino vice primer ministro.

Los Hermanos Musulmanes habían apoyado al RCC durante la toma del poder y exigieron cuatro ministerios en el nuevo Gobierno.

[64]​ A pesar de esta decisión, Nasser era, según Abdel Latif Boghdadi, el único miembro del RCC que deseaba organizar elecciones legislativas.

Nasser consideraba que Puerto Saíd debía ser el centro estratégico y psicológico de la defensa egipcia.

Según las memorias de Boghdadi, Nasser describió al Ejército egipcio como «vencido» cuando vio el armamento destruido en los combates.

[124]​ Cuando las fuerzas británicas y francesas desembarcaron en Puerto Saíd el 5 de noviembre, la milicia local opuso una fuerte resistencia.

Según el historiador Nutting, la crisis «afirmó completa y definitivamente a Nasser» como rais (presidente) de Egipto.

[106]​ En 1957, el panarabismo era la ideología dominante del mundo árabe y numerosos habitantes de la región consideraban a Nasser su representante por excelencia.

[142]​ Aunque Nasser se oponía al comunismo en la región, los regímenes prooccidentales de la zona creían que su panarabismo resultaba una amenaza.

[144]​ Cuando sus incentivos fiscales que pretendían atraer inversiones extranjeras no encontraron el éxito deseado, nacionalizó nuevas industrias para integrarlas en su modelo de desarrollo económico.

[158]​ En el otoño de 1958, Nasser formó un comité tripartito compuesto por Zakaria Mohieddin, Akram Hourani y Salah Bitar para supervisar los acontecimientos en Siria.

Varios miembros influyentes del partido comunista fueron arrestados, entre ellos el antiguo aliado de Nasser, Jaled Mohieddin, al que se había autorizado a volver en Egipto en 1956.

[174]​ En Egipto, la situación económica era más estable: el PIB crecía un 4,5 % y se estaba produciendo una rápida expansión de la industria.

[199]​[200]​ A finales de 1961, creó un consejo presidencial y le otorgó autoridad para filtrar los nombramientos al Estado Mayor, potestad que hasta entonces había tenido Amer.

[199]​ Trató también de mantener el control sobre la función pública del país, para evitar que creciese en demasía y resultase una carga para la economía.

[225]​ La mañana del 5 de junio, la Fuerza Aérea israelí emprendió la Operación Foco en la que destruyó casi toda la aviación egipcia.

[226]​ Tras recibir la noticia del ataque israeĺí, se trasladó al cuartel general para informarse acerca de la situación militar.

[239]​ La Unión Soviética restituyó la mitad del armamento egipcio destruido por Israel durante la contienda y rompió las relaciones diplomáticas con este.

[245]​ Los egipcios aprobaron las medidas que había propuesto en un referéndum celebrado en mayo; se organizaron entonces elecciones al comité ejecutivo supremo, el órgano principal de la Unión Socialista.

[255]​[256]​ Creía además que un armisticio podía ser un primer paso para alcanzar el objetivo principal egipcio: la recuperación del canal de Suez.

[259]​ Según su médico, al-Sawi Habibi, las causas más probables del fallecimiento fueron una arteriosclerosis, varices y complicaciones debidas a la diabetes que sufría.

[262]​ Como la mala salud de Nasser no se había comunicado al público[262]​[263]​ su muerte causó gran sorpresa tanto en Egipto como en todo el mundo árabe en general.

[265]​ Gracias a su capacidad para desatar las pasiones nacionalistas, el historiador Nutting indica que «hombres, mujeres y niños lloraban por las calles» al enterarse de su muerte.