El consejo gobernó el país desde la Revolución egipcia y la renuncia del presidente Hosni Mubarak en febrero de 2011.

[2]​[3]​ La junta militar se ha criticado fuertamente debido a su manejo del período pos-Mubarak, y se ha denunciado por abusos políticos y de derechos humanos.

Algunos detenidos han sido torturados hasta la muerte por el Ejército antes de ser entregados a la Fiscalía egipcia.

Durante la revolución egipcia de 2011, el Consejo Supremo se reunió por primera vez el 9 de febrero, bajo la dirección del expresidente egipcio Hosni Mubarak.

[8]​ La junta militar publicó su primera declaración el jueves 10 de febrero de 2011, aclarando que la junta, "en afirmación y apoyo por las demandas legítimas del pueblo" está en "sesión continuante para contemplar cuáles procedimientos y medidas que se pueden tomar para proteger a la nación".