Ingresó en la Armada Española cuando aún no contaba con 15 años de edad, en la fragata Asturias, Escuela Naval Flotante, en Ferrol.
En 1917 fue designado para formar parte de una Comisión de Expertos que, en plena I Guerra Mundial, marchó a Alemania para visitar y estudiar sus puertos militares, sus defensas, astilleros, y numerosas y grandes factorías, recorriendo asimismo todo el frente de combate.
A modo de curiosidad, cabe destacar su parentesco con el arquitecto, Salvador Moreno Peralta del cual es abuelo; y el cantante Pablo Alborán (1989), el cual es su bisnieto.
En 2010, Moreno Fernández formó parte de los treinta y cinco altos cargos del franquismo imputados por la Audiencia Nacional en el sumario instruido por Baltasar Garzón, por los delitos de detención ilegal y crímenes contra la humanidad cometidos durante la guerra civil española y en los primeros años del régimen, aunque ninguno de ellos fue imputado al comprobarse el fallecimiento de todos los involucrados.
Junto a su hermano, Salvador Moreno Rodríguez, figura en la lista de altos cargos del franquismo imputados por los delitos de detención ilegal y crímenes contra la humanidad en el sumario abierto por el juez Baltasar Garzón en la Audiencia Nacional en 2006.
Juan Cervera Valderrama, Francisco Moreno Fernández y Salvador Moreno Fernández tuvieron una implicación directa en los bombardeos sufridos por la población civil malagueña en la huida por la carretera nacional 340 conocida como La Desbandá o La Juía, en la que murieron entre 3000 y 5000 civiles, según las estimaciones más conservadoras.