Fortaleza de São João

Más tarde, con la definitiva victoria portuguesa sobre los franceses, se trasladó al Morro do Castelo en 1567, sin que la defensa de la costa se descuidara.[5]​ Fue cartografiado por João Teixeira Albernaz, o velho (Capitania do Rio de Janeiro, 1631.También es representado como el fuerte de São João por Manuel Vaz Pereira ('Demonstração da barra do Rio de Janeiro e planta da Lage, 1645.Sin embargo, una fuente francesa contemporánea señala que habían veinte piezas para la batería de São Teodosio (contabilizada como fuerte) y para el fuerte São João, cuarenta y cuatro.[10]​ En 1838 estaba armada con 55 piezas y guarnecida por 770 soldados bajo el mando del comandante Teodoro de Macedo Sodré.[11]​ En sus instalaciones se fundó la Escuela de Aplicación del Ejército (1855), embrión de la Escuela Militar hasta que se decidió construir un edificio específico para tal fin en Praia Vermelha (1857).En 1868 se remodelaron los cuarteles e instalaciones hidráulicas y la fortaleza contaba con 34 piezas de artillería.[14]​ El mismo autor menciona que durante el gobierno de Mallet al frente del Ministerio de Guerra (1900-1901), se proyectaron y construyeron dos baterías enmascaradas, una armada con cañones Krupp C/15 L/40 (Batería Mallet), inaugurada el 2 de diciembre de 1901, y otra, armada con un cañón Krupp C/15, un Krupp C/12 y un Armstrong calibre 550.También menciona que, en 1902, la batería Mallet recibió dos cañones más y que, en 1904, se inauguró un puente de hierro para el servicio de la fortaleza.