Partidario del bando republicano, a partir de 1939 se exilió huyendo del régimen franquista y ejerció la docencia en diversas universidades de Francia, Cuba y Chile.
Ferrater Mora planteaba que la oposición tradicional de conceptos aparentemente irreducibles, tales como: naturaleza-razón, causalidad-libertad, ser- deber ser, alma-cuerpo, ser-devenir, no es invencible.
Estos conceptos, fuente de muchas disputas y divisiones en filosofía, no denotan realidades existentes en sí mismas, sino que son «conceptos límite»; es decir, estos «polos opuestos» no existen de forma absoluta.
Llamó a su posición ontológica «monismo sui generis» puesto que une al monismo y al pluralismo, se trata de un emergentismo en el cual los elementos se autoensamblan en virtud de sus propiedades o funciones, o propiedades-funciones.
Cada estructura, aunque depende para existir de los elementos que la componen, no es reductible a ellos porque adquiere nuevas propiedades-funciones que no se pueden explicar en función de las del elemento.
El autoensamblaje comienza desde el nivel físico hasta el punto en que las estructuras adquieren propiedades-funciones más complejas y de un orden diferente como para dar lugar a un nuevo nivel biológico y así avanza el continuo hasta llegar al nivel social y luego al cultural.