[2]​ La universidad lleva el nombre del padre fundador y presidente de los Estados Unidos, Thomas Jefferson.

La inscripción había estado creciendo constantemente y la escuela estaba rechazando a "jóvenes brillantes" por falta de espacio.

En 1949, habiendo decidido romper sus lazos con el museo, PTI se mudó a su sitio actual en la sección East Falls de Filadelfia.

La compra de propiedades adicionales en East Falls en 1980 y 1988 casi duplicó nuevamente el campus, agregando aulas, laboratorios de investigación, residencias estudiantiles e instalaciones deportivas.

[6]​[8]​[9]​ Se designaron 10 fideicomisarios adicionales de Jefferson College, incluido Joel Barlow Sutherland, para supervisar las nuevas instalaciones desde Filadelfia, debido a la dificultad de administrar un departamento médico en el otro lado del estado.

Dos años más tarde, a esta segunda junta se le otorgó autoridad para administrar el Departamento Médico, mientras que los fideicomisarios de Jefferson College mantuvieron el poder de veto para las decisiones importantes.

[8]​ Las primeras clases se llevaron a cabo en el Teatro Tivoli en Prune Street en Filadelfia, que tenía la primera clínica médica adjunta a una escuela de medicina.

[10]​ Debido a la filosofía de enseñanza del Dr. McClellan, clases enfocadas en la práctica clínica.

[10]​ En 1828, el Departamento Médico se mudó al Edificio Ely, lo que permitió un gran espacio para conferencias y el "Pit", un anfiteatro de 700 asientos para que los estudiantes pudieran ver las cirugías.

[6]​ En 1841, Jefferson Medical College contrató lo que se denominaría "La facultad del 41", una colección influyente de profesores que incluía a Charles Delucena Meigs y al fundador del Museo Mutter, Thomas Dent Mutter.

Esta colección de profesores instituiría numerosos cambios en Jefferson, incluida la provisión de camas para pacientes en una tienda en las calles 10th y Sansom en 1844, y el personal permanecería sin cambios durante 15 años.

[12]​ La clase que se graduó en 1849 incluyó a un hijo del fundador de la universidad, Joel Barlow Sutherland, Charles Sutherland, quien se desempeñó como Cirujano General del Ejército de los Estados Unidos.

Jefferson Medical College es la novena escuela de medicina estadounidense más antigua que existe en la actualidad.