Los fuertes contrastes existentes entre sus progenitores, que provocaron la ruptura del matrimonio, le llevaron a acercarse más a su madre: como ella, Fernando amaba los placeres mundanos, la artes y la música (él mismo era músico), mientras que con su padre Cosme, hombre profundamente religioso y beato, las relaciones fueron siempre tensas.
Conocido libertino, durante una visita al carnaval de Venecia de 1696 Fernando contrajo la sífilis, enfermedad que lo llevó a la locura y finalmente a la muerte en 1713, antes de haber podido subir al trono.
Fue una unión infeliz que no produjo hijos.
Fernando de Médici será siempre recordado, sobre todo, como patrón de las artes: en su villa de Pratolino (hoy Villa Demidoff) hizo construir un teatro, proyectado por Antonio Maria Ferri.
En la villa medicea de Poggio a Caiano había reunido en una sola sala llamada "Gabinetto delle opere in piccolo di tutti i più celebri pittori", una extraordinaria colección de pinturas de pequeñas dimensiones con 174 cuadros de otros tantos pintores, entre los que destacaban Albrecht Dürer, Leonardo da Vinci, Raffaello Sanzio, Rubens, etc. Entre los compositores que introdujo en la corte granducal destacan Alessandro Scarlatti y el joven Georg Friedrich Händel.