Su padre lo nombró como su representante (teniente general) de Lorena, mientras en 1594 permaneció fuera del país.

Ese mismo año fue Teniente General del rey francés en Toul y Verdún.

En 1621 se peleó con su hermano Enrique II, quien se había convertido en duque en 1608, y fue a Alemania para combatir a los protestantes por el emperador.

Después de que él pagase la deuda del ducado con la tesorería, cinco años después, abdicó en favor de su hijo, a quien su esposa para entonces había puesto a un lado, y quien entonces como único duque, gobernó por derecho propio.

En su testamento, Francisco afirmó que él "nunca había tenido ambiciones de llevar una corona en este mundo".