[1][2] Sin embargo, al poco tiempo, renunció también a estas prebendas para unirse a un grupo de eremitas establecidos en los montes de El Castañar.
[3][4] La incorporación a este grupo de Fernando Yáñez, conocido y respetado en la corte, causó profunda impresión e hizo que muchos cortesanos acudiesen a visitarlo en busca de consejo espiritual.
[5] Mal vistos por las órdenes constituidas y en especial por los terciarios franciscanos, que les acusaban de begardos o beguinos, en 1367 los eremitas del Castañar con Yáñez y Pecha al frente se instalaron en Lupiana (Guadalajara), en torno a una antigua ermita dedicada a san Bartolomé, donde decidieron proceder a la fundación de una nueva comunidad.
En 1389, con treinta monjes de Lupiana, marchó a Guadalupe para tomar posesión del monasterio y su señorío, entregado por el rey Juan I a la Orden de San Jerónimo.
[9] Resuelto el conflicto con la expulsión de los trece monjes «revoltosos» —que fundaron una nueva comunidad jerónima en Montamarta (Zamora)— Yáñez pudo mantenerse al frente del monasterio hasta su muerte, ocurrida el 25 de septiembre de 1412.