[37]​[40]​ Una vez finalizada las campañas de Independencia que puso final poder español del Rey Fernando VII en América, se dio inicio al proyecto del Libertador Simón Bolívar con la consagración de la Gran Colombia, sin embargo este proyecto sería efímero ante las diferencias ideológicas entre Simón Bolívar, Francisco de Paula Santander y José Antonio Páez.

[52]​ Tras la desaparición de la Gran Colombia,[52]​ adoptaría al Ecuador como su nueva nación, una vez que el departamento del sur abandonó el sueño de Simón Bolívar, se realizó un proceso electoral donde se eligió como jefe de Estado al general Juan José Flores y como vicepresidente a José Joaquín de Olmedo,[52]​[53]​ durante esta estancia contrajo matrimonio con la guayaquileña Balbina Suárez con la que tuvo dos hijas Telesforza Ayarza y Gertrudis Ayarza,[16]​en este mismo contexto por su valor durante las campañas independentistas,[52]​ se ganó la amistad del presidente Juan José Flores llegando a hacer un amigo íntimo de la familia del presidente.

[55]​ La derrota sobre la guerra con Nueva Granada como el descontento del país, ante la represión del presidente Juan José Flores sobre los opositores liberales como el fusilamiento del coronel Luis Urdaneta,[56]​ diferentes medios periodistas como el Quiteño Libre junto a grupos liberales bajo el liderato del abogado Vicente Rocafuerte, dieron inicio de la primera guerra civil en el país con la creación de la Jefatura Suprema de Vicente Rocafuerte,[18]​[19]​ manteniéndose fiel al presidente Juan José Flores fue parte de los batallones que derrotaron a la jefatura de Vicente Rocafuerte,[18]​ sin embargo esto fue aprovechado por el abogado José Félix Valdivieso que formó una nueva Jefatura Suprema y con apoyo del general Isidoro Barriga buscaron derrocar al presidente Juan José Flores,[57]​[58]​en este contexto Juan José Flores y Vicente Rocafuerte forman una alianza, donde a lado del presidente derrotarían al ejército restaurador de José Félix Valdivieso en la batalla de Miñarica.

[57]​ En 1844 antes el inicio de la revolución marcista su relación con el presidente Juan José Flores se deterioraba rápidamente al ver que este negara el puesto de ministro de defensa puesto que asumió el general Hipólito Soulin,[25]​para este contexto su relación con los generales Antonio Farfán, Antonio Martínez Pallares,Tomás Carlos Wright y Juan Otamendi se volvió tensa.

[3]​ En estos años se ganó la antipatía del doctor Gabriel García Moreno y su círculo periodístico entre ellos Rafael Carvajal o Pedro Moncayo,[25]​ cuando en 1849 al actuar como mediador en un debate entre Gabriel García Moreno con el ministro Manuel Bustamante, el cual terminó en una pelea entre los dos,[16]​ donde Gabriel García Moreno amenazaría de muerte a Manuel Bustamante, ante este acontecimiento ordenó el encarcelamiento de Gabriel García Moreno, quien huyó del país tras ese incidente.

[20]​ En medio de la guerra tuvo conocimiento del pacto entre el general Guillermo Franco con el presidente Ramón Castilla sobre el tratado de Mapasingue,[20]​al mismo tiempo el general Guillermo Franco le dio instrucciones específicas de derrotar a los rebeldes comandados por Gabriel García Moreno, para aquel tiempo Gabriel García Moreno junto a sus aliados políticos crearon el Gobierno Provincial de Quito,[20]​el cual reconquistó la provincia de Pichincha y aplastaría al ejército del capitán Manuel Cerda y el coronel Matías León,[20]​ las acciones del Gobierno de Quito llevó a que fuera enviado a resguardar la ciudad de Cuenca con los coroneles Raimundo Ríos y Patricio Rivero,[6]​donde atrincherados su ejército cayó como huyó del campo de batalla, ante el ejército del general Manuel Tomás Maldonado y el general Secundino Darquea.