Posee un variado mosaico ambiental, compuesto de esteros, palmares, pastizales inundables, sabanas, bosques xerófilos y, especialmente, selvas en galería, las que marginan al riacho Pilagá y uno de sus afluentes, el riacho Guaycolec, ambos cursos fluviales atraviesan el área protegida.
Este ambiente presenta una elevada diversidad biológica y un buen estado de conservación.
En el valle de inundación del riacho Pilagá fueron formados por deposición sedimentaria aluvional.
[8] Entre su elenco de mamíferos destaca el tapir (Tapirus terrestris), la paca (Cuniculus paca) -exclusiva en la región chaqueña argentina de estas selvas en galería)[9] y el mono de noche o mirikiná (Aotus azarae), primate muy estudiado en esta reserva[10][11][12][13][14] y que convive con las tropas del mono aullador o carayá (Alouatta caraya).
[2] Entre las especies más relevantes destacan el aguilucho alas anchas (Buteo platypterus)[16] el tapicurú (Mesembrinibis cayennensis) y muchas otras que reproducen el área, como el lechuzón mocho grande (Pulsatrix perspicillata),[17] el ipequí (Heliornis fulica), la garza cucharona (Cochlearius cochlearius), el yapú (Psarocolius decumanus),[2] algunas de ellas son especies amenazadas, como el yetapá de collar (Alectrurus risora)[18][19] y dos crácidos ya muy raros en el chaco húmedo por causa de la caza desmedida a la que son objeto, la pava de monte (Penelope obscura) y el muitú (Crax fasciolata), en este último caso representan las poblaciones más importantes de la Argentina.
[25] La Estancia Guaycolec presenta naturalmente una vegetación fragmentada en mosaico, donde se desarrollan esteros, pastizales inundables, sabanas, palmares de palma caranday (Copernicia alba), arbustales e isletas de bosques xerófilos de tipo chaqueño húmedo o monte fuerte;[26][27] todos esos ambientes los administradores los utilizan como potreros para el ganado.
[28] Estas forestas están adaptadas a inundaciones naturalmente periódicas, siendo que la dinámica y fenología que los caracteriza, su diversidad botánica y su estructura, han sido relevadas minuciosamente, comprobándose que representan los bosques con mayor diversidad de especies leñosas del país, luego de los de las selvas misionera y yungueña.
Desde el área céntrica de la ciudad capital provincial se debe circular por 10 km hacia el norte por la ruta 11 hasta la bifurcación con la ruta nacional 81, desde allí se continúa por la 11 (la que gira a la derecha) en un tramo rectilíneo de 15 km hasta que se cruza el puente del riacho Pilagá, estando la entrada a mano izquierda (oeste) luego de pasar dicho curso fluvial.