A partir de la campaña 1965-66 se convirtió en el delantero titular del club.
El cambio según declaraciones del presidente del club, Andrade Pradillo, se dio porque el delantero pretendía un aumento de sueldo, que la institución en esos momentos no podía dar.
No disputó la campaña México 1970, al estar concentrado con la selección mexicana, precisamente por ser un torneo especial que se jugó sin seleccionados; concentrados de forma permanente de cara a la Copa del Mundo México 1970.
La temporada 1970-71 significó su consolidación en la escuadra crema, al tiempo que de forma particular integró una destacada dupla ofensiva con el mediocampista chileno Carlos Reinoso.
[5] En la siguiente temporada 1971-72, conquistó el título de goleo individual por segunda ocasión, anotando 26 tantos en 33 partidos.
Inició el torneo anotando tres goles y lo cerró marcando otros dos.
[7] Esa temporada, una lesión y su consecuente baja de juego lo alejaron de la titularidad, que recayó en el chileno Osvaldo Castro; Borja jugó 16 encuentros y metió cuatro goles.
Además de integrar el plantel que conquistó la Copa México esa campaña.
En una jugada que comenzó su compañero de Pumas Aarón Padilla, este comenzó a driblar por la banda izquierda, centró a Borja que entró al área chica, acompañado de un solo defensa, trató de disparar sin éxito, retuvo el balón, giró evadiendo la barrida defensiva y venció al portero francés.
Javier Fragoso los superaría momentáneamente ese mismo año al marcar sus goles 15 y 16 con la selección.
Tal como ocurrió en la liga, retomó su nivel y regresó a la titularidad de la selección, marcando goles especialmente en duelos amistosos.
Disputó su último encuentro y anotó su último gol el 24 de agosto de 1975 frente a Estados Unidos, sería su gol 31, cifra solo superada, como se mencionó anteriormente, hasta 1997.