Posteriormente mantuvo una portavocía oficiosa, dado que los partidos políticos estaban prohibidos por el franquismo, hasta su ruptura en 1970 con la Junta Regional.
Después de la escisión dentro del movimiento carlista, el diario se alineó con la fracción tradicionalista, fuertemente enfrentada al Partido Carlista, de ideología izquierdista y vasquista.
Con motivo del cisma mellista que fracturó al partido jaimista en 1919, la línea editorial de El Pensamiento Navarro fue fundamental para lograr que el carlismo navarro apoyase masivamente a Don Jaime.
En 1928 su director, Miguel Esparza Aguinaga, fue encarcelado por publicar un artículo en el que señalaba que aun en caso de extinción de la dinastía carlista, el partido carlista nunca reconocería como rey a Alfonso XIII.
En noviembre de 1933 pasó a dirigir el periódico Francisco López Sanz.
En 1936 se adhirió a la sublevación militar íntimamente ligado a los requetés navarros, fuerza paramilitar esencial en Navarra para que el golpe de Estado en este territorio fuera un éxito.
En un tiempo de profundos cambios, Javier María Pascual conectaría con las nuevas corrientes emergentes tanto en la Iglesia Católica como en la Comunión Tradicionalista, lo que se traduciría en una orientación editorial cada vez más progresista.
Pascual colaboraría con la recién creada Secretaría general de la Comunión Tradicionalista, formada por la camarilla del príncipe Carlos Hugo, que trataba de apartar al jefe delegado, José María Valiente,[21] y buscaba la forma de dirigir políticamente El Pensamiento Navarro mediante un consejo delegado que representase a la jerarquía carlista.
Ignacio Baleztena indicó que fuesen los mismos cesantes quienes propusieran nuevos consejeros, pero Pascual lo impidió.
[23] Según Bayod, esta nueva línea del periódico, «empeñado en su tarea desorientadora en materia tradicional desde que consiguió desplazar a López Sanz», se debía al secretario general, José María Zavala, y al secretario de Carlos Hugo, Ramón Massó, a los que calificó como los últimos «Marotos» (en referencia a su traición al carlismo).
Al día siguiente el Consejo de Administración del periódico remitía una carta a Pascual, exigiéndole que rectificase el rumbo que estaba dando a la línea editorial y manifestando que: Ante esta situación, el arzobispo de Pamplona, Arturo Tabera, se solidarizaría con Javier María Pascual y le felicitaría por su compromiso con los Movimientos Obreros de Acción Católica.
En dicho cese no se tuvo en cuenta a la Junta Regional de la Comunión Tradicionalista en Navarra (que poco después cambiaría su nombre por Partido Carlista).
Entonces se produjo una situación bastante conflictiva, ya que la Junta Regional de Navarra exigió sin éxito que los integrantes del Consejo de Administración pusieran las acciones a disposición suya (únicamente lo hizo Martínez Erro).
Por otro lado, económicamente la empresa editora comienza a tener problemas de difícil solución.
En ese contexto, el 23 de agosto de 1970 la imprenta del periódico sufrió un atentado con bomba, colocada, al parecer, por una organización marginal autodenominada «Grupos de Acción Carlista», como represalia ante lo que consideraban que era un robo al pueblo carlista, si bien en 2006 la banda terrorista ETA se atribuiría el atentado como propio.
[29] La nueva orientación editorial implicaría la oposición a la democracia liberal y la defensa de regímenes autoritarios como la dictadura salazarista en Portugal.
[35] El periódico denunció también los frecuentes atentados de la banda terrorista ETA.
con mis principios, si España es salvable (Carlos VII), firmado por Jesús Evaristo Casariego en el que denunciaba el contexto «demoliberal, con consenso marxistoide y separatista» y destacaba la trayectoria del periódico:[38] Por su parte, el consejo de administración de Editorial Navarra S.A. escribía en un artículo también en portada titulado La tradición, alma de la vida nacional: El periódico recordaba asimismo que su motivo de vida había sido el lema «Dios, Patria, Rey, que pudiera completarse con un cuarto sustantivo, Fueros» e indicaba que «la defensa del ser de Navarra —en sus españolísimos fueros— ha sido una constante de esta publicación».