[2]​ Con motivo del cisma mellista que fracturó al partido jaimista en 1919, la línea editorial de El Pensamiento Navarro fue fundamental para lograr que el jaimismo navarro apoyase masivamente a Jaime III.

Este cisma guardó estrecha relación en el ámbito navarro con el debate abierto en 1918 por los nacionalistas vascos sobre la reclamación de una autonomía vasca que incluyese a Navarra.

De hecho los mellistas, dirigidos por Víctor Pradera, se manifestaron como contrarios, mostrándose partidarios a la Ley Paccionada de 1841 e integrándose en las candidaturas alfonsinas; al mismo tiempo que los jaimistas en cambio eran favorables, participaban en el «Comité Pro-Autonomía» y llegaron a pactar una coalición electoral, llamada «Alianza Foral», con los nacionalistas vascos.

En este contexto, Etayo en una conferencia pronunciada durante 1919 en el Círculo Carlista de Pamplona sobre «La Reintegración Foral de Navarra», afirmaba en relación a los mellistas que: En 1920, Etayo fue sucedido en la dirección del diario por Miguel Esparza, igualmente defensor de la colaboración con el nacionalismo vasco.

De hecho, la editorial Txalaparta, vinculada al entorno proetarra,[8]​ llegó a editar en 2004 un libro titulado «Navarra, una soberanía secuestrada: historia y periodismo (1923-1931)» con una recopilación de artículos de Jesús Etayo sobre el foralismo navarro, citando como autor al propio Etayo, aunque éste no publicó jamás dicho libro.