El entonces ministro del Interior del bando sublevado, Ramón Serrano Suñer, impulsó la creación de la agencia, en la que participaron activamente: José Antonio Jiménez Arnau, Manuel Aznar Zubigaray y Vicente Gállego.
El servicio de noticias en portugués se creó para Brasil en 2001 y en 2006 lanzó el servicio de noticias en árabe, con sede en Egipto, y la Agenda Digital Mundial, que recoge las convocatorias de cualquier acto que esté previsto se produzca en aquellos lugares donde EFE cuenta con delegaciones.
Constituye un patrimonio cultural e informativo único, cuya conservación atañe a todas las instituciones públicas.
En este campo, en 2007, lanza las Becas de Especialización en Periodismo Ambiental Autonómico, una iniciativa liderada desde la Delegación de Galicia para especializar a diez jóvenes periodistas en este campo informativo.
Un año después —en 2008— en colaboración con Fundación Biodiversidad, duplica el programa con la convocatoria de 20 becas en toda España.
[11] Herrero Losada, ligado a la agencia Fabra, desmintió a Luis María Ansón recordando que desde 1938, en plena guerra civil, EFE transmitía noticias para los medios informativos del bando franquista, donde redactores de la agencia Fabra eran perseguidos por su actividad anterior, y otra de las citadas, Febus, continuaba su servicio informativo en el sector republicano.
Asimismo, se trasladan las oficinas de Burgos a Madrid, utilizando provisionalmente una sede en la calle Espalter.
El mismo año Jesús Pabón sustituyó a Noriega como presidente y cuatro años después, en 1944, el hasta entonces subdirector Pedro Gómez Aparicio sustituyó a Vicente Gállego en la dirección de la agencia.
En 1946, se creó el servicio económico Comtelsa en colaboración, al 50 %, con la agencia británica Reuters.
En 1965, se abre en Buenos Aires la primera corresponsalía de EFE en América y al año siguiente comienza el servicio informativo exterior de EFE para su distribución en Iberoamérica y se abren delegaciones en todos los países americanos.
En 1967, Miguel Mateu Pla será presidente de EFE, en septiembre del año siguiente pasará a ser presidente Manuel Aznar y en 1969 se nombra a Alejandro Armesto director-gerente.
Ese mismo año todos los servicios informativos de la agencia pasan a utilizar la denominación EFE, que hasta entonces se reservaba a la información internacional, por lo que las firmas Cifra, Cifra-Gráfica y Alfil desaparecieron.
En 1986, EFE cambia de logotipo[17] y el periodista Alfonso Sobrado Palomares es nombrado presidente-director general.
[18] En 1991, se inician las emisiones oficiales de Teletexto así como su presencia en América Latina.
[19] En 1993, se incorporó al equipo de fotoperiodistas la primera mujer, Elvira Urquijo A.
[20] En 1995, EFE es galardonada con el Premio Príncipe de Asturias de Comunicación y Humanidades como reconocimiento a su labor, independencia y neutralidad, premio que comparte ese año con el filósofo Aranguren.
Ese mismo año la filial ACAN-EFE (el servicio para Centroamérica) se integra en EFE.
En 2009 la Fundación EFE recibe el premio Vía Apia a la transparencia informativa por los programas de periodismo ambiental realizados esa década.
Se publican los libros “Felipe VI: la vida del Rey en 100 imágenes”[26] y “EFE75”.
[cita requerida] EFE y su presidente reciben el Premio Eisenhower a la libertad de expresión.
[cita requerida] En 2017, entra en funcionamiento el servicio EFE-EPA multimedia en inglés para Asia.
[27] Se crean los I Premios Saliou Traoré de periodismo en español sobre África.
[cita requerida] A partir de 1990, la Agencia EFE creó divisiones para temas específicos.
En 2021 la RAE y la Agencia EFE firmaron un acuerdo para relanzar Fundéu, que pasa a denominarse FundéuRAE.