La temporada 2006-07 debutó con el Real Madrid Castilla en Segunda, pero no tuvo mucha continuidad.[4] En Inglaterra, disputó 18 partidos oficiales y dio dos asistencias, pero solo en media temporada porque en diciembre se anunció su vuelta a la primera plantilla del Real Madrid.Esa temporada 2009-10 fue la de su asentamiento definitivo en la máxima categoría, y como anécdota, en el partido Getafe-Real Madrid, metió un gol a su antiguo equipo con polémica, ya que los futbolistas blancos reclamaron falta de Dani al robar el balón a Casillas, pero luego se demostró que era legal.Su primera gran actuación esta temporada fue en el partido de la 6.ª jornada frente al recién ascendido Hércules, que terminó con un contundente 3-0 y con una espectacular actuación de Parejo que consiguió el primer gol, dio la asistencia del segundo, y fabricó la contra del tercero.Unas semanas más tarde, desde Italia llegaron rumores que situaban al jugador en el Palermo, tasandolo en 8-10 millones de euros.Posteriormente reaparecería contra el Barcelona, jugando los últimos 30 minutos, sin poder evitar la contundente derrota 0-3 ante los culés.Tras la falta de preparación, notó el cansancio, pero cumplió con creces, ya que en ningún momento se escondió, pedía el balón, distribuía en corto y en largo, y dejó detalles de su calidad, al hacer un "caño" a un jugador rival.[7] A pesar de todos los rumores finalmente no fue traspasado y permaneció en el equipo en la temporada 2012-13, con Mauricio Pellegrino como entrenador.Empezó a tener cierta continuidad, tras las lesiones de Éver Banega y Fernando Gago.Con la llegada del técnico Ernesto Valverde tuvo más minutos y se hizo con el puesto de titular indiscutible.Su indiscutible presencia en los esquemas de Nuno lo convirtieron en una pieza fundamental en el centro del campo valencianista junto a sus compañeros André Gomes y Javi Fuego.Tras la dimisión de este, pocos días después se oficializa su renovación hasta 2020 a instancias del técnico Nuno que asumió plenos poderes en el área deportiva.El público de Mestalla abroncó en varios encuentros a técnicos y jugadores por el pésimo juego del equipo, y los galones que asumió Parejo en la temporada anterior le pasaron factura, unidos a la mejora de su contrato.Se acordó con el jugador quitarle la capitanía para que así tuviera menos presión y pudiera mostrar su fútbol ya con menos responsabilidad, pero siguió sin recuperar su mejor versión y la afición dudó en varias ocasiones de su entrega.Con o sin brazalete siguió siendo fijo para todos los técnicos esa temporada, y su rendimiento mejoró cuando Voro tomó las riendas del equipo.La afición volvió a centrar sus críticas en Parejo que vivía su octava temporada como valencianista.El partido terminó 1-2 a favor del Valencia, proclamándose campeones de la edición 2018-19.
