No hay duda[cita requerida] de que Morales era un cantante notable y cuando viajó a Roma, el propio Paulo III se ocupó de hacerlo entrar en el coro papal, en el que permaneció hasta 1545; esta es al menos su propia versión.
La vida profesional de Morales en España se volvió difícil, a pesar del universal reconocimiento que ya entonces merecía su obra.
La obra de Morales ha sido juzgada por algunos autores como extranjerizante y ajena a la tradición española.
Palestrina, por ejemplo, basó una de sus misas en el motete O sacrum convivium.
Situación esta que con el tiempo ha quedado superada dado el alto valor composicional y conocimiento litúrgico del andaluz.
[cita requerida] Morales fue el primer compositor español de fama internacional.
Sus obras se distribuyeron ampliamente por Europa, y muchas copias hicieron el viaje al Nuevo Mundo.