A este carácter nobiliario que tendría la fundación, iría unido el eclesiástico, dos rasgos fundamentales indicados en las disposiciones testamentarias de don García.
Desde el punto de vista docente, se confirmaba expresamente que todas las personas que vivían en dicho Colegio, colegiales y capellanes, estaban bajo la jurisdicción del rector de la Universidad y necesitan su permiso para poder leer lección pública allí, asistiendo a ella estudiantes.
Por este tiempo, la fábrica de su Colegio estaba prácticamente terminada y es probable que el fundador viera hecho realidad su proyecto.
El Colegio de los Manriques estuvo desempeñando su labor docente durante los siglos XVI al XIX.
En 1803 la comunidad colegial se trasladó al edificio del antiguo Colegio de los Manchegos.
Esa ubicación lindaba con dos solares que igualmente eran del Colegio Mayor, y los tenía dado en alquiler a Cristóbal Santisteban, vecino de la villa.
Observando en un plano de ese año, conservado en el Archivo Histórico Militar, que en su edificio principal estaban las dependencias representativas del Colegio como son la capilla, el aposentos del rector, las aulas, servicios, etc.[8] Su estructura responde a un esquema muy frecuente en la arquitectura conventual y colegial de los siglos XVI y XVII, que era la habitual en Alcalá de Henares.
En su solar fueron construidas posteriormente unas casas destinadas al personal funcionario de dependencias penitenciarias en los años 1940-1950.
Los colegiales debían llevar el apellido Manrique y expresar a su ingreso la limpieza de sangre, permitiéndoles las constituciones que tuvieran un criado que pernoctase en el colegio con su amo, pagando para su manutención treinta ducados al año.
Además, debían saber latín y mantener una disciplina parecida a la que observaban los del Colegio Mayor de San Ildefonso.