[3] Unión Comercio se alzó con la Copa Perú 2010 tras superar en la final a Alianza Porvenir-Unicachi, luego de ganar 2-0 en Tarapoto y perder 4-2 en Juliaca.
Los nuevo cajamarquinos finalmente se impusieron por 1-0 en el Estadio Francisco Mendoza Pizarro de Olmos, manteniendo la categoría.
Para 2021, al igual que la temporada anterior, todo el campeonato se disputó en la capital del país; Unión Comercio acaba en la tercera casilla una vez acabada las fases regulares, por lo cual, estuvo habilitado para jugar los play-offs por un cupo a Liga 1.
En aquella etapa su rival fue Carlos Stein, que tras empatar sin goles fueron una definición por penales donde lamentablemente el cuadro de San Martín perdería 6-7 y así condenándose a permanecer en Liga 2 una temporada más.
El equipo haría una buena campaña durante todo el año, teniendo como rival directo a Cusco FC por el campeonato de Segunda División.
Finalmente no logra el campeonato y debido a que Cusco FC consigue tanto el Apertura como el Clausura, tampoco hubo play-offs, por lo tanto, tras quedar en la segunda casilla en la Tabla Acumulada, fue declarado automáticamente subcampeón del torneo y de esa forma disputar la revalidación por el ansiado regreso a Primera División.
Sin embargo para 2024, el rendimiento seguiría siendo pobre, consiguiendo varias rachas negativas, por lo cual era inevitable la pérdida de categoría.
Durante las ediciones de 2017 y 2018, Unión Comercio disputó sus partidos en el remodelado Estadio IPD de Nueva Cajamarca, ya que esta era su ciudad natal y el estadio para esa fecha ya estaba reinaugurado.