[8] En el Torneo del Interior 2012 tras un 0-1 en la ida y un 2-1 en la vuelta, le ganó en la tanda de penales 3 a 1 en la final a Independiende de Neuquén, siendo el primer equipo chivilcoyano en lograr dicha hazaña y ascendiendo al Torneo Argentino B 2012-13.
En la Copa Argentina 2013-14 eliminó por penales a General Rojo de San Nicolás jugando de local,[11] siendo la primera vez que se juega la Copa Argentina en Chivilcoy.
Independiente logró clasificar a la Fase Preliminar Regional II, en donde perdió por penales frente al conjunto Ferro Carril Sud de Olavarría.
En el Torneo Federal B Complementario 2016 Independiente tuvo una campaña ideal quedando segundo en la Zona A con Sosa Facundo como goleador de la Región Pampeana Norte anotando 17 goles en 14 partidos, clasificando así a la segunda fase de la competición.
En 1/32 final se enfrentó a Argentinos Juniors por primera vez en su historia.
Nuevamente se le escapaba el ascenso al Rojo de Chivilcoy.
En el 2023 se enfrentó a Estudiantes de La Plata por la Copa Argentina.
En la Copa Argentina 2024 se enfrentó a San Lorenzo de Almagro por los 32avos.
Independiente hizo un buen planteo táctico que complicó al equipo azulgrana, sin embargo, San Lorenzo consiguió destrabar el partido a los 59 minutos con un gol de Cristian Tarragona.
Durante el transcurso del Torneo Federal A 2024 Independiente quedó 6° en la Zona 3 de la Primera Fase, sin lograr la clasificación a la Segunda Etapa del torneo.
[18] Pero luego en el partido de vuelta, perdió 1-0, quedando eliminado del torneo por ventaja deportiva.