El Torneo Federal B 2016 fue la tercera temporada del certamen, perteneciente a la cuarta categoría para los equipos de fútbol de los clubes indirectamente afiliados a la AFA.

[2]​ Al suceder esto, el formato se adaptó a la cantidad de participantes.

La competición otorgó tres ascensos al Torneo Federal A, mientras que no hubo descensos, por la misma naturaleza opcional del formato.

Los dos ganadores de la Quinta fase, o final, obtuvieron el ascenso al Torneo Federal A.

[6]​ Los enfrentamientos se determinaron por cercanía geográfica, y solo en la Segunda fase no jugaron entre sí equipos que provinieron de la misma zona clasificatoria, ni los que hayan terminado primeros en su zona respectiva.