El Torneo del Interior 2006 fue la segunda temporada de éste certamen para clubes indirectamente afiliados a la AFA.

Sin embargo, finalizado el torneo, otros 4 clubes fueron invitados al Argentino B, por motivo de reestructuración.

Ascensos: Los equipos que resultasen campeones ascendían al Torneo Argentino B 2006/07 mientras que los finalistas disputaban encuentros de promoción contra tres (3) equipos provenientes del Torneo Argentino B 2005/06 para poder ascender.Debido a una reestructuración del Torneo Argentino B; se invitó a participar de la siguiente temporada a cuatro (4) equipos; mientras que también se programó un cuarto ascenso.

Se disputó un encuentro previo entre los dos equipos del Argentino B, donde el perdedor descendía y el ganador continuaba con chances de mantener la categoría.

Luego se jugaron dos semifinales entre el ganador de la fase previa, y los tres equipos perdedores de las promociones, los ganadores avanzaban a la final, y quien ganase la final obtenía el cuarto ascenso.