El Centro de Investigaciones Históricas «José María Arboleda Llorente», anteriormente conocido como Archivo Central del Cauca o simplemente Archivo Histórico, es una dependencia perteneciente a la Universidad del Cauca y adscrita a la Facultad de Ciencias Humanas y Sociales de dicha institución.
Es considerado el archivo más importante de toda la región y siendo segundo en relevancia a nivel nacional, en su acervo custodia valiosos documentos antiguos consistente en grandes volúmenes de registros desde el siglo XVI hasta XX con una continuidad excepcional.
Tras su finalización comenzó a ser habitada por la familia Mosquera que estaba conformada por don José y su esposa doña María Manuela quienes fueron trayendo poco a poco a sus hijos al mundo en aquella casa, quienes tiempo después serían personajes fundamentales en la historia política y religiosa del aquel entonces Virreinato de la Nueva Granada y posteriormente Colombia.
En aquella época la casona contaba con un amplio portalón con un zaguán empedrado coronado por un arco de medio punto que desembocaba en el patio central donde se distribuyen las habitaciones, mientras más al norte se hallaba el área de las pesebreras que gracias a la pendiente pronunciada del cause del río Molino se levantaron por debajo de la casa a manera de sótanos que daban paso a los amplios potreros que tenían acceso los Mosquera para la ganadería.
[7] Llegado el año 1939, don José María había logrado resumir y catalogar solamente él mismo más de 7.641 documentos en 5 tomos de 700 páginas cada uno, que a su vez se subdividen en 5 subsecciones como lo pueden ser Civil, Eclesiástico, Judicial, Militar y Particular.
La riqueza de la información que resguarda esta colección es muy valiosa, conteniendo documentos sobre la abrupta transición del dominio español a una autonomía que no era tan deseada sobre todo por Popayán, una ciudad de fuerte arraigo ibérico.