Las crisis económicas provocaron que la catedral tenga un estilo variado, a causa de las invasiones francesas y la posterior pérdida del poder sobre América.Tras su muerte en 1783, le sucedió Miguel Olivares hasta 1790, fecha en la que empezó a dirigir la obra Manuel Machuca y Vargas.El templo posee varias cúpulas, destacando dos: la cúpula del crucero, compuesta por un tambor y casquete semiesférico; se asienta sobre pechinas y en su exterior está cubierta por azulejos dorados que durante el día le prestan gran luminosidad.Contigua a ésta se encuentra otra cúpula de menores dimensiones, situada sobre el altar mayor.La cubierta se soluciona mediante bóvedas vaídas en la mayor parte del edificio, mostrando muchas de ellas una rica decoración escultórica en bajorrelieve.El altar mayor consiste en un templete exento de estilo neoclásico, dedicado a la Inmaculada Concepción.En todo el perímetro del templo se observan capillas (que en el momento de la construcción estaban dedicadas a albergar los talleres necesarios para la obra del templo) dedicadas a diversos santos.[7] La preside un lienzo del martirio de San Sebastián firmado y fechado en 1621 por el genovés Giovanni Andrea Ansaldo.Las talló Ignacio Vergara a mediados del siglo XVIII para el desamortizado Convento de los Descalzos.[7] Primera capilla de la girola, cuenta con dos lienzos del santo titular realizados hacia 1838 por Antonio Quesada.[9] Su altar lo ocupa una pintura del Ángel Custodio realizada en 1838 por Joaquín Manuel Fernández Cruzado.[9] Estuvo dedicada a Santa Gertrudis hasta que en 1894 es beatificado el capuchino Diego José de Cádiz.Su imagen, esculpida por Diego García Alonso en 1890, ocupa el retablo creado en mármol por Carlos Requejo a mediados del siglo XIX y que conserva en su ático un relieve de su antigua titular.Sobre ella, otro lienzo con una escena de la vida del santo firmado el mismo año por Jerónimo Marín.[12] Anteriormente dedicada al Niño Perdido, presente en un lienzo de escuela sevillana del siglo XVIII.[12] Dedicada en origen a San Firmo, su incendio en 1832 fue el acicate para terminar las obras de la catedral.[13] Está representado por imagen de Jesús con la cruz a cuestas tallada por Pedro Campana en 1703.En las hornacinas laterales hay imágenes de Santo Tomás y San Patricio, obras barrocas del siglo XVIII.El tondo del ático representa a San Antonio Abad en una pintura de José Früller Alcalá Galiano.Verdaderas obras de arte son la sillería del coro y los dos órganos que posee, perteneciendo originalmente el situado a la izquierda del coro a la Iglesia de Santa Cruz o Catedral Vieja.La cripta destaca por la bóveda plana del espacio central y por la curiosa reverberación sonora que su forma produce.
