En el templo gótico y en la cubierta artesonada fueron realizadas algunas reformas en los siglos XV y XVI, hasta que en el año 1596 fue quemado por la escuadra anglo-holandesa comandada por el almirante Charles Howard y Robert Devereux, 2.º conde de Essex, que atacó, invadió y saqueó Cádiz hasta que, incendiada, la abandonó, quedando este templo casi destruido.Tras la destrucción del templo anterior, hubo de ser reedificada en el siglo XVII, siendo la existente desde entonces.En la edificación del siglo XVII, se levantó de estilo manierista, y barroco.El campanario está construido en el siglo XV, separado del resto de la iglesia, está cubierto con un chapitel de azulejos polícromos.El edificio es sede parroquial, atendido por un párroco y lugar donde se celebran misas.
Recreación 3D construcción Iglesia de Santa Cruz: Fase 2 (1483-1518)
Recreación 3D construcción Iglesia de Santa Cruz: Fase 3 (1519-1571)
Recreación 3D construcción Iglesia de Santa Cruz: Fase 4 (1596)
Recreación 3D construcción Iglesia de Santa Cruz: Fase 5 (1596-1602)
Recreación 3D construcción Iglesia de Santa Cruz: Fase 6 (1602-actualidad)
A la izquierda del altar mayor se puede ver un escudo antiguo de Guipúzcoa
A la derecha el de Vizcaya, provenientes de la desaparecida capilla de los Vizcaínos
La Última Comunión de San Fernando
, pintada por
Antonio Hidalgo
en 1683, capilla de los Vizcaínos