En el año 74, cuando Vespasiano reorganizó a gran escala las tropas del Imperio, fue asignado a la Legio XIV Gemina Martia Victrix, unidad militar que permaneció allí hasta el final de la presencia romana en la zona (fines del siglo IV).
En ella, durante las guerras marcománicas (172–175), residió Marco Aurelio, y escribió allí parte de sus Meditaciones.
En el año 308, el emperador emérito Diocleciano presidió en la ciudad la histórica Conferencia de Carnuntum, a la cual concurrieron los coemperadores Maximiano y Galerio.
Restaurada parcialmente por Valentiniano I, no recuperó su importancia política y militar, sustituida por Vindobona.
Hasta finales del siglo XVIII el lugar consistía en unas ruinas que estorbaban el paso e impedían el desarrollo de la agricultura, y sus mármoles fueron utilizados para producir cal.
El museo arqueológico Carnuntum se encuentra en la cercana localidad de Bad Deutsch-Altenburg, inaugurado en 1904 por el emperador Francisco José I.