[1]​ Tras unas obras que se han prolongado durante un periodo de cuarenta años, y que finalizaron en junio de 2010, se han vuelto a conectar nuevamente las tres estructuras.

Consta de una sola nave, dividida en tres tramos, y ábside poligonal, con grandes contrafuertes en el exterior.

La fachada septentrional, que da a la plaza de la Paja, es el único elemento exterior levantado bajo las pautas arquitectónicas del Renacimiento.

Los ornamentos de la fachada son escasos y se concentran en el tercio superior.

Está hecha en madera de nogal y decorada con diferentes relieves, donde se representan escenas bíblicas, principalmente del Antiguo Testamento.

Así mismo hasta principios del siglo XX el templo presentaba dos retablos laterales:[7]​ Ambas pinturas de los retablos laterales se atribuyen a Juan de Villoldo.

Otro de los elementos destacados del interior es el coro alto, cubierto con artesonado.