[1]​ De esa relación tuvo un hijo, Francisco de Vargas y Mendoza, que fue legitimado por el rey Felipe II en 1561 como hijo del obispo Vargas Carvajal.

En efecto, en Trento conoce al padre Diego Laínez (jesuita) y a Francisco de Borja.

En su testamento, el obispo aparece como Gutierre Carvajal y Vargas.

Gutierre «fue muy inteligente en el arte de la arquitectura a que los grandes señores comúnmente son aficionados».

En 1534, convoca en Jaraicejo (Cáceres), un sínodo diocesano; en él se anticipa a las reformas que plantearía en el Concilio de Trento en cuanto a la ordenación y administración de las diócesis.