Actualmente solo se conserva, muy transformada, la iglesia del hospital, cuyo interior alberga desde 2019 un restaurante de Burger King.Beatriz de Trejo fundó el hospital en su propio testamento, pero quiso verlo construido en vida, para lo cual aportó sus propios bienes y ordenó estrictamente que las rentas no se incorporaran a ningún otro sitio.[8] El motivo de Beatriz de Trejo para querer ver el hospital funcionando lo antes posible era la compleja situación sanitaria que tenían las ciudades en aquella época: los hospitales del Antiguo Régimen se creaban y financiaban mediante fundaciones privadas, lo que llevaba a que la autoridad pública no pudiese coordinarlos, existiendo en muchos lugares una gran dispersión.[9] El hospital era conocido originalmente como "hospital de la Cruz", debido a que junto al mismo se ubicaba hasta el siglo XX un crucero en cuya basa se indicaba su nombre, sus fundadores y el año de fundación.Esta cruz fue derribada por un carro y su basa fue hallada posteriormente en una pared medianera lejana.La construcción fue dirigida por el cantero Baltasar Botello y terminada tras la muerte de este por el arquitecto Francisco Rodríguez.[16] Sin embargo, la decadencia final del edificio se produjo durante la primera guerra carlista: en 1836 fue desamortizado y dividido en varias parcelas y en 1837 fue parcialmente destruido por los cristinos para reparar la muralla de la ciudad con sus piedras.Por ejemplo, la iglesia del hospital se usó en el siglo XX como almacén y fábrica de corcho.La parte principal de la iglesia, que sin su ábside forma uno de los dos edificios, es difícilmente identificable por sí misma como templo en la actualidad, pues se ha convertido en un bloque dividido horizontalmente en el que la planta baja sirve para local comercial y la planta alta para dos viviendas, con ventanas y balcones en las fachadas; en lo que podría haber sido el imafronte del templo se conserva el escudo heráldico de los fundadores sobre la portada, que actualmente es un arco de medio punto con dovelas radiadas.[6][20][21][22][23] Sin embargo, los problemas económicos provocados por la crisis económica de aquella época, unidos al pequeño tamaño del ábside, hicieron conveniente abandonar el proyecto público y buscar ayuda privada.
El edificio en 1905, cuando se usaba como fábrica de corcho. En la imagen todavía puede verse la cruz, actualmente desaparecida.
