El 35.º ejército fue la unidad principal japonesa durante esta misión, liderada por el Mayor general Kiyotake Kawaguchi.
El resto de la isla -conocida en su totalidad como Kalimantan- estaba bajo control neerlandés.
Sin embargo, fuerzas libres neerlandesas -principalmente la Armada Real de los Países Bajos y los 85.000 hombres del Ejército Real de las Indias Orientales Neerlandesas (KNIL, incluyendo un pequeño grupo aéreo)- continuó luchando, repartido por todas las Indias Orientales Neerlandesas, y para diciembre de 1941 bajo un embriónico y algo caótico mando conjunto aliado que se convirtió en el Comando Americano-Británico-Holandés-Australiano (ABDACOM).
El Pacto Tripartito entre las tres potencias del Eje - Alemania, Japón e Italia - garantizaba el apoyo mutuo entre ellos, y este rindió frutos para Japón en julio de 1941 cuando los nazis obligaron a la Francia de Vichy a ceder la Indochina Francesa (hoy en día Vietnam, Laos y Camboya) a Japón.
Japón volcó su atención de la guerra en China hacia objetivos estratégicos en el Pacífico y las Indias Orientales Neerlandesas.
Con su rico potencial para la explotación de petróleo, como ser en Tarakan, Balikpapan y Banjarmasin, Borneo se convirtió en uno de los principales objetivos para Japón, y uno que se encontraba muy mal resguardado.
Borneo también se encontraba en el medio de las principales rutas marinas entre Java, Sumatra, Malaya y Célebes.
Además, el gobierno de Brooke, el Rajá Blanco, también organizó a los Sarawak Rangers.
El Grupo de Aviación Naval Neerlandés GVT-1 con tres hidroaviones Dornier Do 24K se encontraba localizado en Pontianak junto con una guarnición del KNIL, comandada por el teniente coronel Dominicus Mars, y contaba con aproximadamente 500 hombres.
Aunque el 2.º Batallón, 15.º Regimiento Punjab, resistió el ataque, pronto fueron abrumados por la superioridad numérica japonesa y se vieron obligados a retirarse hacia el río.