[1] Durante el primer gobierno interino del general Pedro Diez Canseco fue nombrado ministro de Justicia, Instrucción, Culto y Beneficencia (1863).
[2] En 1864 fue nombrado vocal propietario de la Corte Suprema, al quedar vacante por el fallecimiento de Luciano María Cano.
[3][4] Durante el tercer gobierno interino del general Pedro Diez Canseco fue nuevamente ministro de Justicia, Instrucción, Culto y Beneficencia (1868).
[5][6] Cuando los consignatarios del guano presentaron un recurso a la Corte Suprema en contra del Contrato Dreyfus, acusando al gobierno de despojo, Muñoz fue uno de tres vocales supremos que votaron dándole la razón a aquellos; los otros dos fueron de Juan Antonio Ribeyro y Blas José Alzamora.
[7][8] Se dice que rechazó un ofrecimiento de cien mil soles por su voto.