La bavenita se encuentra en varias formas, siendo las más habitual los cristales laminares o tabulares de contorno rectangular, que suelen aparecer como agregados subparalelos o radiados.

[3]​Forma una serie de solución sólida con la bohseíta (Ca4Be3AlSi9O24(OH)4), en la que la sustitución gradual del aluminio por berilio va dando los distintos minerales de la serie.

Aparece como drusas en cavidades miarolíticas en granito y rocas pegmatitas asociadas, formado a partir de la alteración del berilo y otros minerales conteniendo berilio.

Suele encontrarse asociado a otros minerales como: berilo, helvina, fenaquita, bertrandita, cuarzo, epidota, estibina, albita, ortoclasa, titanita, clorita, clinozoisita o tremolita.

Ejemplares significativos con cristales tabulares aparecen también en las canteras de Las Ventas con Peña Aguilera (Toledo).