La palabra atotonilco proviene del Náhuatl o aztequismo que quiere decir: lugar de aguas termales.
Existen dos grandes poblaciones de animales, estos son la iguana y la ardilla, considerados como plaga o dañinos, ya que dañan las siembras.
Los animales autóctonos de la región son el ocelote, coatí, zorrillo, zopilote, patos, garzas, búhos, lechuzas, conejos, liebres y demás fauna menor.
En los últimos años, la producción del jitomate y el chile en invernadero ha tomado una importancia creciente en la economía de la región.
A pesar de que Atotonilco el Bajo no es cabecera municipal es visitado por turismo regional.
La población está creciendo en número de habitantes que vienen a radicar que no es población local, debido a esto se están construyendo fraccionamientos y colonias nuevas.
Existe una mina a cielo abierto de diatomita, mejor conocido en el lugar como tizate, es un material de extrema blancura y una densidad muy baja, se puede levantar una gran roca con poco esfuerzo.