En el periodo de la transición tuvo años críticos al acumular una deuda insalvable para quedarse sin sede en 1992.[2] A lo largo del siglo XIX se fueron desarrollando ateneos en diferentes ciudades españolas con características similares.Algunos conferenciantes fueron los escritores Federico García Lorca, Jacinto Benavente, Miguel de Unamuno, Rafael Alberti, Pío Baroja, Valle Inclán, María Zambrano o José Ariztimuño entre otros.[5] Tras la guerra civil, se recuperó el Ateneo con el nombre de Círculo Cultural Guipuzcoano y el gobierno cedió una sede en 1945.[4] Los últimos presidentes del Ateneo fueron Julio Caro Baroja, Manuel Agud, Ángel García Ronda y el actual Javier Mina Astiz.
