Baroja y Ricardo tuvieron que acomodarse a un nuevo Instituto; Darío, el mayor, acusó menos los cambios.

El hecho es importante: Baroja señaló que su «fondo sentimental» se formó entre los doce y los veintidós años.

El argumento materno expuesto fue que los hijos podrían desarrollar allí sus futuros estudios universitarios en la capital.

[12]​ Sin embargo, los hermanos pudieron continuar sus carreras en la nueva ciudad, aun cuando Baroja abandonó Madrid con el ánimo por los suelos por los encontronazos con los dos profesores.

Pío acude frecuentemente al Hospital General Universitario y centra su trabajo en concluir los estudios lo antes posible.

Sin embargo, aunque aprobó las asignaturas teóricas, los catedráticos lo increparon irónicamente en los exámenes por su poca dedicación a la praxis.

Se licenció, al fin, en Valencia, pero marchó a Madrid para doctorarse por el medio más rápido posible.

Aunque en sus memorias Baroja asegura haber sido el único pretendiente, los registros del Ayuntamiento indican que hubo otro candidato llamado Diego.

Tras su experiencia interrumpida como médico rural decide regresar a la bulliciosa Madrid; su hermano Ricardo dirigía una panadería (Viena Capellanes) que su tía materna Juana Nessi les había legado tras la muerte de su marido[17]​ y Ricardo le había escrito desde Madrid que estaba harto y quería dejar el negocio.

Instalado en Madrid, empezó a colaborar en periódicos y revistas, simpatizando con las doctrinas sociales anarquistas, pero sin militar abiertamente en ninguna.

Esta estancia en Madrid coincide con el auge del modernismo y con una bohemia literaria más o menos pintoresca.

La afición por la literatura que le surgió en su adolescencia se ve incrementada ahora en las largas estancias tras el mostrador de la panadería, en las que lee con avidez filosofía alemana, desde Immanuel Kant a Arthur Schopenhauer, decantándose finalmente por el pesimismo de este último.

Su culto amigo suizo, el traductor e hispanista Paul Schmitz, lo introduciría más tarde en la filosofía de Nietzsche.

Asiste a la vida nocturna de los cabarés y vive apasionadamente los sucesos del caso Dreyfus.

Con el viajero Ciro Bayo realizará también varias excursiones a Extremadura y hará también senderismo por Jutlandia en Dinamarca.

Las hizo casi siempre acompañado por sus hermanos Carmen y Ricardo, pero también por Ramiro de Maeztu, Azorín, Paul Schmitz e incluso José Ortega y Gasset en una ocasión en que recorrieron en automóvil gran parte del itinerario del general Gómez en su famosa expedición durante la primera guerra carlista; sobre ello redactará Baroja un interesante libro de viajes.

En ese mismo año publica la que será su primera novela: La casa de Aizgorri, iniciando así su carrera como escritor y ensayista.

Su principal aporte a la literatura, como él mismo confiesa en Desde la última vuelta del camino (sus memorias compendiadas, Ed.

Escribe la realidad política de estos primeros años del siglo XX dedicando especial atención a las ideas anarquistas que siempre salpican su obra.

En una primera etapa de bohemia madrileña tuvo contacto con anarquistas españoles como Mateo Morral, del que inspirado en su atentado contra Alfonso XIII trazó una trilogía, La raza.

[28]​ En una entrevista realizada por Juan Aparicio López en la revista jonsista La Conquista del Estado, fundada por Ramiro Ledesma Ramos, critica el advenimiento de la Segunda República.

Prefería el clima, luz, paisaje y vegetación del norte de España, por eso eligió Navarra para veranear en 1936.

La primera fue publicada en 2006, en edición del escritor Miguel Sánchez-Ostiz, precedida, entre otros títulos, por Libertad frente a sumisión en 2001.

El hotel del Cisne sería la primera pieza de otra inconclusa trilogía que llevaría por nombre Días aciagos.

[40]​ Baroja publicó también cuentos, recogidos al principio en Vidas sombrías (1900) y después en Idilios vascos (1902).

La mayor parte de los personajes barojianos son seres inadaptados o antihéroes que se oponen al ambiente y a la sociedad en la que viven, pero, impotentes e incapaces de demostrar energía suficiente para llevar lejos su lucha, acaban frustrados, vencidos y destruidos, en ocasiones físicamente, en muchas otras moralmente, y, en consecuencia, condenados a someterse al sistema que han rechazado.

Si bien no era mucha su afición al teatro ni a los espectáculos populares, adaptó su obra teatral Adiós a la bohemia y compuso el libreto para la ópera chica homónima con música del compositor Pablo Sorozábal estrenada en 1933 en Madrid.

A veces lo hace empleando pseudónimos: «Doctor Tirteafuera» (como hizo Dionisio Pérez Gutiérrez), «Pío Quinto», «Juan Gualberto Nessy», etc. Fue también corresponsal de guerra.

Fundó en 1915 la revista España, algunos de cuyos colaboradores llegaron a ser ministros y cargos públicos durante la Segunda República.

Se dio su nombre a una serie de monumentos, plazas, calles, colegios, como el CEIP Pío Baroja (Móstoles).