[1][2] Honrubia se dispuso a encontrar un cargo de músico en las catedrales y colegiatas españolas.
Ganó las oposiciones Honrubia, que en ese momento ya estaba casado, por tres votos frente a uno.
Sin embargo, las disputas entre el maestro y los músicos de la capilla comenzaron de inmediato y las desavenencias llegaron al punto en que los músicos sabotearon activamente unos ensayos rompiendo la viola o estropeando adrede un violín.
Honrubia atribuía las hostilidades a que era seglar, pero su ideología influyó sin duda: el maestro y el músico realista Miguel Fernández reprodujeron a pequeña escala la lucha que se estaba produciendo en la sociedad española en la época, constitucionalistas contra absolutistas.
La disputa llegó a su extremo en septiembre de 1826, cuando Honrubia fue denunciado por realizar algunas manifestaciones escandalosas.
El cabildo consideró su respuesta al obispo como desobediencia y desacato, considerándolo «persona sin juicio, loco, indecente y fanático», por lo que se decidió dedicar sus esfuerzos en expulsarlo del cargo.
Honrubia escribió al cabildo, reclamándole que:[2][1] En 1845, ya sexagenario, regresó a Guadix desde Granada, con el cargo de primer organista, aunque él se consideraba maestro de capilla.
En esta situación, en 1852, llegó el nuevo obispo Juan José Arbolí y Acaso, al que Honrubia enseguida reclamó su caso.
Su amigo Torcuato Tárrago y Mateos escribía desde Madrid:[2] Una de sus obras más conocidas fue una Misa solemne regia, dedicada a la reina regente María Cristina.
También compuso varios himnos dedicados a Isabel II con los que intentaba ganarse el favor de la Corona.