Participó en la batalla de Quebracho Herrado, en la que fue tomado prisionero, pero varios meses más tarde huyó a Montevideo.

A partir de esa momento, los Taboada lideraron un frente unitario en el norte, con alianzas poderosas en Salta y Tucumán.

Siguió ocupando ese puesto con el sucesor de su hermano, Borges, y apoyó la política del gobierno unitario porteño.

Ante tal traición, los Taboada organizaron unas montoneras que derrotaron a los leales al gobernador en la batalla de Maco.

Tras vencer a Del Campo en la batalla de Manantial, invadió Santiago, ocupando la capital.

Pero entonces llegó la noticia del triunfo porteño en la batalla de Pavón, y Navarro retrocedió rápidamente hacia Catamarca.

En defensa de Navarro y Gutiérrez apareció el general riojano Ángel Vicente Peñaloza, que ofreció mediar entre las partes en lucha.

Don Antonino se dedicó por casi un año a reorganizar la defensa contra los indios del Chaco, muy debilitada.

Cuando el Chacho se lanzó a su segunda rebelión, en 1863, fue nombrado comandante de las fuerzas del norte.

En su ausencia había sido nombrado gobernador de Santiago, pero tampoco esta vez quiso asumir el gobierno.

La llegada de Domingo Faustino Sarmiento al gobierno nacional dejó a los Taboada en la oposición, y tuvieron serios problemas con el presidente.