La figura de Varela, como tantas otras de la época, resulta fuertemente controvertida; los historiadores revisionistas han reivindicado su oposición a Bartolomé Mitre y a la Guerra del Paraguay.

Era hijo del caudillo federal Javier Varela y de María Isabel Ruarte o Rubiano (sic).

Tras la derrota se unió a las filas del Chacho Peñaloza en su sublevación contra las autoridades nacionales.

A través de la Unión Americana, Varela comprendió en profundidad el proceso político en que estaba sumergido su país, y se puso a organizar una campaña militar para regresar.

Liberaron a los presos de la cárcel, entre los cuales se hallaba el doctor Carlos Juan Rodríguez, un federal puntano a quien Videla hizo nombrar gobernador de Mendoza.

Pocos días después derrotaron al coronel Pablo Irrazábal, el asesino de Peñaloza.

[5]​ Convocando a las montoneras residuales de otros caudillos muertos en todo el país más combatientes chilenos, Varela marchó sobre territorio argentino portando bandera con la consigna de ¡Federación o Muerte!.

Al poco tiempo se unieron a Varela otros caudillos menores, como Santos Guayama, Sebastián Elizondo y Aurelio Zalazar, con los cuales llegó a formar un ejército de más de 4.000 hombres.

Los dos batallones con los que había partido de Chile (en los que figuraban algunos soldados y oficiales chilenos) se habían transformado en varios miles de hombres, llegando a reunir casi 5.000 montoneros, la fuerza más importante que había puesto en armas el Partido Federal desde la batalla de Pavón.

Ante la tibia acogida que les dispensó Urquiza, con quien contaban inicialmente para encabezar el alzamiento, planificaron las acciones desde su cuartel de Jáchal.

Varela estaría encargado de alzar las provincias occidentales, mientras los Saá y Videla avanzarían hacia el litoral, donde esperaban sumar algún dirigente federal.

[8]​ En la hipótesis más audaz, podían llegar a contar con Timoteo Aparicio en Uruguay, junto con el Partido Blanco.

Avanzó hacia la ciudad de Catamarca, y estaba ya por llegar cuando supo que Taboada había ocupado La Rioja.

La carga inicial de los federales -encabezada por el chileno Estanislao Medina- fue exitosa, y los combates se prolongaron durante casi ocho horas.

Con menos de 180 hombres, Varela debió retirarse, dejando el campo al muy maltrecho ejército nacional.

Desde allí hostigaría a las fuerzas regulares de sus adversarios, contando con su mejor conocimiento del terreno.

El 16 del mismo mes, aprovechando sus pocos medios, sorprendió en la quebrada de Miranda a un grupo de conscriptos al frente del coronel Linares, que abandonaron el bando nacional y se le unieron desobedeciendo a sus oficiales.

Cuando sus enemigos contaban que ya estaba asilado en Bolivia, reapareció sin aviso en los Valles Calchaquíes, provincia de Salta.

Pero otros observan que la ocupación de la ciudad duró apenas una hora, lo cual no habría dado tiempo a violaciones o asesinatos, y las fuentes no citan ningún caso concreto de asesinato después del combate.

Se dirigió a San Salvador de Jujuy, ciudad que ocupó también brevemente.

En los primeros días de noviembre entraba en Bolivia, donde fue asilado por el presidente Mariano Melgarejo, y se refugió temporalmente en Potosí.

El gobierno catamarqueño repatrió sus restos, pese a la oposición del Ejecutivo nacional encabezado por Domingo Faustino Sarmiento.

Cincuenta mil víctimas hermanas, sacrificadas sin causa justificable, dan testimonio flagrante de la triste o insoportable situación que atravesamos, y que es tiempo ya de contener.

Vuestro ilustre jefe y compañero de armas el magnánimo Capitán General Urquiza, os acompañará y bajo sus órdenes venceremos todos una vez más a los enemigos de la causa nacional.

¡Es el grito que se arranca del corazón de todos los buenos argentinos!

el campo de la lid nos mostrará al enemigo; allá os invita a recoger los laureles del triunfo o la muerte, vuestro jefe y amigo.