Se convirtió en un oficial de campamento, al cual lo que más le molestaba era el desorden.

En esa época entró en conflictos con el general Ángel Vicente Peñaloza, que era quien había llevado al poder a Bustos; y de cuya influencia Bustos quería independizarse.

Sus métodos violentos y arbitrarios causaron la deserción en masa del contingente, que se unieron a las fuerzas montoneras de Aurelio Zalazar.

Huyó a La Rioja, pero debió evacuar la ciudad poco después, ante el avance de Varela.

Linares volvió a Famatina junto con el coronel Nicolás Barros en persecución de Varela, que huyó al otro lado del cerro de Famatina.