En el primer año de Álvaro en Seedorf Racing compartió box con Héctor Barberá.
Tras acabar la temporada, Barberá subió a 250cc y Álvaro quedó como primer piloto de la escudería.
Sin embargo, el equipo cambió de Aprilia a Honda y el rendimiento de la nueva moto, Honda RS125, dejó mucho que desear y los tiempos empeoraron con respecto al año anterior, por lo que al finalizar el año, cambió de equipo.
En la temporada 2010 corre en esta categoría dentro del equipo oficial Rizla-Suzuki, teniendo como compañero al piloto italiano Loris Capirossi.
A mediados de mayo se rompe la clavícula izquierda practicando motocross, lo que le hizo perderse varias carreras.
En el GP de Francia consiguió subir al tercer cajón del podio por tercera vez en su carrera.
En la temporada 2017 se confirma su regreso al Aspar Team, donde pilota la Ducati Desmosedici GP16, consiguiendo finalizar, nuevamente, el Mundial en 12.º posición, logrando buenos resultados en la primera parte del campeonato.
Este año cambian las reglas y se incluye una tercera carrera corta (en torno a 10 vueltas dependiendo del circuito) en el fin de semana, llamada "SuperPole Race".
Dado en este campeonato los niveles de rendimiento de los equipos son evaluados cada cierto tiempo para compensar, en este caso bajando las revoluciones, Ducati, al igual que Kawasaki en años anteriores, ve algo reducida su velocidad.
Pierde toda la ventaja y acaba la temporada como subcampeón tras Jonathan Rea con Kawasaki.
Se suma al proyecto el subcampeón de 2010 con Suzuki, Leon Haslam.
Aunque la apuesta es firme, las piezas no terminan de encajar y tampoco Honda puede reaccionar bien respecto al chasis debido a las reglas del campeonato.
Aunque hay progreso los pilotos (a pesar de su calidad, no es su estilo) no parecen poder llevar el proyecto al máximo, tampoco Honda lo ve claro, a pesar de llevar varios años con su propia estructura oficial Moriwaki después de abandonar a Ten Kate.
La solidez mostrada en todos los circuitos en la lucha a tres bandas con Rea y Razgatioglu, le vale conseguir el título mundial.