[4][5] En 1895, volvió a ser electo senador por Puno y se mantendría en dicho cargo hasta 1918.
Conformaban su gabinete: Solón Polo (Relaciones Exteriores), Carlos Washburn (Justicia e Instrucción), Pedro E. Muñiz (Guerra y Marina), Germán Schreiber (Hacienda) y Delfín Vidalón (Fomento).
Esto motivó que el diputado demócrata M. Lino Cornejo, presentara el 7 de octubre una moción rechazando las declaraciones de Tovar referentes a las Juntas Departamentales, moción que fue aprobada sin debate.
Al día siguiente, Tovar renunció a su cargo de ministro.
Su sucesor fue el diputado Germán Arenas, en un gabinete que mantuvo al personal del ministerio anterior y cuya presidencia recayó en el ministro Washburn.
Ese mismo año presidió el Senado, durante los turbulentos días del primer gobierno de Augusto B. Leguía.