La consagración de la iglesia fue realizada en 1147 por el papa Eugenio III, antiguo monje cisterciense en Claraval, en una ceremonia fabulosa a la que asistieron también diez cardenales, ocho obispos y todos los abades del Císter.
[1] En 1170 una bula del papa Alejandro III confirmó a la abadía en sus bienes y posesiones.
Estas dos construcciones fueron el modelo de abadía durante la importantísima expansión cisterciense en los dos siglos posteriores, llegando a tener setecientas abadías a finales del siglo XIII, distribuidas por toda Europa.
En 1269, Fontenay se convirtió en abadía real durante los reinados de Juan II, Carlos VIII y Luis XII.
En 1791, la Revolución francesa suprimió las órdenes religiosas y vendió los bienes de los monasterios.
En 1906, Édouard Aynard, banquero lionés y aficionado al arte, adquirió la abadía, comenzando importantes trabajos de restauración para devolverle su aspecto medieval.
Tanto el escritorio, donde los monjes copiaban sus libros, tan importantes en la meditación y en las ceremonias litúrgicas, como la forja tienen una estructura similar a la sala capitular.
Bóvedas de medio punto apoyadas en columnas que se abren como palmeras.